Hòa Minh hình thành từ các gia đình Công giáo đến tái định cư trong quá trình đô thị hóa Đà Nẵng. Dưới sự chăm sóc của Giáo xứ Hòa Khánh, đặc biệt thời Cha Giuse Nguyễn Trí Dũng, các gia đình được quy tụ thành ba giáo khóm. Từ tháng 8/2008, cộng đoàn có Thánh lễ tại nhà gia đình anh chị Khanh–Nguyệt, khi chưa có nhà thờ riêng.

Năm 2009, cộng đoàn được cấp đất tại số 02 Nguyễn Chích để xây dựng nơi thờ phượng. Các cha quản xứ Hòa Khánh và giáo dân chung tay chuẩn bị kinh phí. Ngày 03/12/2013, Đức cha Giuse Châu Ngọc Tri đặt viên đá đầu tiên; ngày 11/10/2014, ngài khánh thành và thánh hiến nhà thờ, nhận Thánh Giáo hoàng Gioan XXIII làm bổn mạng.

Ngày 25/04/2015, Hòa Minh được thiết lập thành giáo họ biệt lập và trao cho dòng Tên chăm sóc. Cha Phêrô Trương Văn Phúc, SJ là quản nhiệm tiên khởi. Các lớp giáo lý, hội đoàn và hoạt động bác ái dần đi vào nền nếp, với sự cộng tác của cộng đoàn Mến Thánh Giá Huế. Nhà mục vụ và trường giáo lý được khởi công ngày 24/04/2016, đáp ứng nhu cầu sinh hoạt ngày càng tăng.

Ngày 25/03/2019, Đức cha Giuse Đặng Đức Ngân nâng Hòa Minh lên giáo xứ, đặt Cha Tôma Tạ Trung Hải, SJ làm quản xứ tiên khởi. Cha Phanxicô Xaviê Nguyễn Thanh Vũ, SJ tiếp nối sứ vụ trong giai đoạn 2020–2023. Đến năm 2026, giáo xứ do Cha Philipphê Trần Thanh Minh, SJ coi sóc, có 1.825 giáo dân.

Cộng đoàn duy trì giáo lý thiếu nhi, giáo lý dự tòng và hôn nhân, đồng thời phát triển hoạt động các hội đoàn và bác ái giữa một địa bàn có nhiều gia đình lao động, người nhập cư.