Giáo xứ Ba Thôn với địa bàn rộng lớn, phía Đông được bao bọc bởi một đoạn của dòng sông Sài Gòn, phía Bắc được ngăn cách bởi Quốc lộ 1A, các mặt còn lại tiếp giáp với các giáo xứ như Tân Quy, Tân Đông thuộc giáo hạt Hóc Môn; hệ thống giao thông đường bộ khá dày đặc cùng các hương lộ và tỉnh lộ, con đường Hà Huy Giáp chạy xuyên dọc qua địa bàn giáo xứ nối liền quốc lộ với địa danh Lái Thiêu.