Sau Hiệp định Genève 20.7.1954, Thuỷ Quân Lục – Chiến Việt Nam di chuyển từ Bắc vào Nam và đóng tại ven biển Nha Trang, từ  Cầu Đá, Bình Tân, Cửa Bé tới Phi trường Nha Trang. Vì số gia đình Công Giáo di cư đông khoảng 1.000 người, Đức Cha Marcel Piquet Lợi vào Sài Gòn yêu cầu Đức Cha Phêrô Phạm Ngọc Chi tiến cử một linh mục di cư  ra Nha Trang phụ trách.

Ngày 6.11.1956, Linh mục Gioan Đỗ Hưng Phong nhận bài sai ra Nha Trang thành lập Giáo xứ Khiết Tâm. Cha Gioan Đỗ Hưng Phong cùng với thầy giảng Giuse Đỗ Công Chiêu cùng nhau chung sức xây dựng giáo xứ Khiết Tâm. Nhà Thờ Khiết Tâm cấp tốc được xây dựng tạm, mở cửa ngày 10.11.1956 với số giáo dân khoảng trên 500 người. Năm 1958, Nhà Thờ được sữa sang, mở rộng thêm.

Sau một thời gian, Nhà thờ Khiết Tâm bị hư hỏng cần phải xây dựng lại. Công cuộc tái thiết được khởi công từ tháng 4.1971 và tới tháng 7.1971 thì hoàn thành. Nhà thờ mới dài 32 mét, cao 5 mét, rộng 12 mét, tường xây gạch và mái lợp tôn với tháp chuông cao 15 mét.

Ngày 15.6.1977 Cha Gioan Đỗ Hưng Phong được tập trung cải tạo tại trại A 30, tỉnh Phú Khánh, và Ngài đã về nhà Cha trên trời lúc 22 giờ ngày 18. 3.1981 tại trại cải tạo A 30 Tuy Hoà, Phú Yên.

Vào Tháng 7.1977, Cha Đôminicô Hà Long Ẩn, Tuyên úy Dòng Thánh Giuse kiêm Quản xứ Khiết Tâm, đến tháng 12.1977 Cha Đôminicô Hà Long Ẩn bị tử nạn đột ngột. Cha Clément Lưu  Minh Hoàng, Tổng Phụ Trách Dòng Thánh Giuse kiêm nhiệm Quản xứ Khiết Tâm từ 1982 đến 1993. Cha Phaolô Ngô Hành, SVD, được chính thức bổ nhiệm làm Quản xứ Khiết Tâm từ 1994 đến 2011. Cha Gioan Nguyễn Hoài Nam, SVD, được bổ nhiệm làm Quản xứ từ 2011 đến 2012.

Sau nhiều năm mưa nắng, Nhà Thờ Khiết Tâm đã xuống cấp và hư hỏng, Cha Phaolô Ngô Hành, SVD, với sự khuyến khích và trợ giúp của các Đấng Bản Quyền và các ân nhân xa gần xúc tiến việc xây dựng. Ngôi Thánh Đường mới theo kiến trúc Á Đông. Ngày 20.12.2003, Đức Cha Phaolô Nguyễn Văn Hoà, nguyên Giám Mục Giáo Phận Nha Trang đã đặt viên đá đầu tiên. Sau gần 3 năm thi công, Ngôi Thánh Đường hoàn thành và Lễ Khánh Thành Tạ ơn được tổ chức vào ngày 28.12.2006 do Đức Cha Giuse Võ Đức Minh Giám Mục Nha Trang chủ sự. Ngôi Thánh Đường mới diện tích 1.610m2, dài 46m, rộng 33m, cao 24m với Tháp chuông cao 27m, có sức chứa 1.500 chỗ ngồi và thêm phòng Chầu Thánh Thể, phòng Thánh Trang và phòng ở với diện tích 92m2.

Ngày 02 tháng 12 năm 2012, Cha Gioan Baotixita Nguyễn Văn Thanh Toàn, Linh mục Giáo Phận Nha Trang đầu tiên, chính thức được Đức Cha Giuse Võ Đức Minh Giám Mục Nha Trang bổ nhiệm làm Quản xứ Khiết Tâm đến nay.

Giờ lễ Nhà Thờ Giáo Xứ Khiết Tâm