Giáo họ Pháp Vân đã có từ lâu. Trong thống kê các nhà thờ tại Địa phận Tây Đàng Ngoài năm 1927, nhà thờ Pháp Vân được mô tả có chiều dài 22 mét và chiều rộng là 9,5 mét.

Năm 2014, vì không có nhà thờ, Đức Hồng Y Phêrô Nguyễn Văn Nhơn cho phép Giáo họ được dâng lễ ở tư gia nhà cụ Dung và nhà ông Huy. Dân chúng đông đúc, nhu cầu tâm linh là một phần không thể thiếu. Năm 2015, dưới thời Cha Giuse Nguyễn Ngọc Hinh coi sóc giáo xứ Thịnh Liệt (Kẻ Sét), UBND thành phố Hà Nội mới trả cho Giáo họ một góc ao, nơi nhà thờ Pháp Vân hiện nay toạ lạc. Giáo họ đã nỗ lực dựng nhà tạm để dâng Thánh lễ. Từ đây, mọi sinh hoạt tôn giáo được cử hành. Từ 2015, mọi Thánh lễ, kể cả Tuần Thánh cũng được cử hành tại Giáo họ. Tuy vất vả, chật chội về cơ sở vật chất, nhưng lòng nhiệt thành của bà con lại được đáp ứng và ngày càng được nâng cao.

Là một địa bàn có nhiều anh chị em di dân hiện diện nên số người tham dự Phụng vụ ngày một đông. Đặc biệt từ ngày Đức Tổng Giám mục Giuse Vũ Văn Thiên tới thăm và dâng Thánh lễ vào cuối năm 2018, sức sống đạo tại Giáo họ ngày càng triển nở mạnh mẽ. Năm 2020 Giáo họ đang xúc tiến hồ sơ để xin Đức Tổng Giám mục cho Giáo họ được nâng lên hàng giáo xứ. Và ngày 21/11/2020 Đức TGM Giuse đã ký quyết định thành lập giáo xứ Pháp Vân, đồng thời đặt cha Giuse Nguyễn Ngọc Hinh làm chính xứ Yên Duyên và xứ Pháp Vân.