Năm 1945, có 4 gia đình Công giáo đến định cư sinh sống tại Ấp Phú Xương, Quận Vĩnh Xương, Tỉnh Khánh Hoà. Thời bấy giờ, nơi này còn hoang vắng, cọp beo thú dữ hoành hành. Cùng lúc đó, một số gia đình Công giáo khác, muốn nương nhờ ân đức của Tu viện Phanxicô, nên đã đến sống quanh sườn đồi Cù Lao Xóm Bóng. Với tinh thần truyền giáo và nhiệt tâm phục vụ theo Linh đạo của Cha thánh Phanxicô, các Cha đã qui tụ các gia đình trên về Ấp Phú Xương, thành lập một Cộng đoàn Kitô hữu.

Năm 1947, nhờ Chúa quan phòng thúc đẩy, một số giáo dân đạo đức và thiện chí muốn mở mang Nước Chúa, cùng nhau vận động 7 vị kỳ lão người lương thuộc làng Phú Xương đồng ý ký tên cho đất để bà con giáo dân dựng lên một Nhà nguyện, làm nơi tụ họp thờ phượng Chúa.

Năm 1951, có khoảng 10 gia đình Công giáo ở dưới chân đồi Phanxicô được Cha Bernado Dương Liên Mỹ giúp đỡ dẫn đưa ra gia nhập với số giáo dân ở làng Phú Xương.

Năm 1954, theo dòng người di cư từ Bắc vào Nam, một số người Công giáo đã đến xin tá túc tại đây. Nhận thấy Phú Xương không còn đủ đất canh tác cho số người ngày càng đông, các Cha Phanxicô đã quyết định dẫn toàn bộ các gia đình Công giáo đến định cư tại vùng đất dọc bờ biển từ Hòn Chồng đến Đồng Đế. Địa danh Thanh Hải xuất hiện trong thời gian này.

Năm 1957, Tu viện Phanxicô cử Cha Trần Hữu Đức thay Cha Dương Liên Mỹ chăn dắt đàn chiên Thanh Hải. Sau một thời gian với những khó khăn ban đầu, nhưng nhờ ơn Chúa và nỗ lực của nhiều người, họ đạo đã tương đối ổn định nên các Cha Phanxicô đã trao họ đạo lại cho Bản quyền Giáo phận Nha Trang.

Năm 1960, Đức Cha Marcello Piquet Lợi chính thức nâng họ đạo Thanh Hải lên hàng Giáo xứ và cử Cha Lê Hồng Thanh làm quản xứ. Từ đó, giáo xứ Thanh Hải dần phát triển, thu hút nhiều gia đình Công giáo từ các nơi đến sinh sống. Đặc biệt, các sinh hoạt của giáo xứ Thanh Hải ngày thêm phong phú nhờ có sự hiện diện của Tiểu Chủng viện Sao Biển, Dòng kín Carmel, Cộng đoàn Mến Thánh Giá Trinh Vương Gò Thị, Nhà Hưu dưỡng các Linh Mục.

Trong suốt quá trình hình thành và phát triển, giáo xứ luôn được các Cha quản xứ nhiệt tâm chăm sóc mục vụ: Cha Nguyễn Hữu Ban (1964–1966); Cha Nguyễn Quang Sách (1966–1967); Cha Phạm văn Nguyện (1967–1975).

Vào năm 1967, số giáo dân Thanh Hải đã lên đến 1.600 người, nên sau 1 năm nhậm chức Giáo phận Nha Trang, Đức Cha Phanxicô Xaviê Nguyễn văn Thuận đã cử Cha Augustinô Phạm Văn Nguyện làm quản xứ Thanh Hải, để ngoài việc chăn dắt đàn chiên, với tài tháo vát và năng nổ, Cha sẽ xây dựng cho giáo xứ một ngôi Thánh đường hiện đại, đáp ứng với nguyện vọng chính đáng của bà con giáo dân.

Sau 3 năm chuẩn bị, ngày 08.3.1970, Đức Cha Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận đến dâng Thánh lễ và đặt viên đá đầu tiên. Chỉ trong vòng một năm, đêm Giao thừa 26.01.1971, Đức Cha Phanxicô Xaviê đến khánh thành và dâng lễ Tạ ơn trong ngôi Thánh đường đồ sộ và nguy nga này.

Trong 7 năm quản xứ Thanh Hải, bằng gương sáng của ngài: đời sống đạo đức, đơn sơ, khó nghèo, hết lòng với đàn chiên, và nhiệt tâm mở mang Nước Chúa, cha già Augustinô đã biến đổi diện mạo của giáo xứ, giúp dạy dỗ giáo dân thực hành đời sống đức tin, xây thêm các cơ sở vật chất phục vụ con người như Nhà xứ, Trường học v.v… Đến đầu năm 1975, Cha già đã âm thầm rời giáo xứ đi nghỉ hưu, để lại trong lòng mỗi người giáo dân Thanh Hải lòng biết ơn sâu đậm.

Ngày 18.3.1975, dưới sự điều động của Đức Giám Mục Giáo phận, Cha Giuse Nguyễn Quang Huy đến cai quản giáo xứ Thanh Hải trong hoàn cảnh đổi thay của Đất nước.

Trước năm 1975, dân cư Thanh Hải có đến 95% là Công giáo. Đa số sống bằng nghề trồng rau, chăn nuôi, chài lưới và một số nghề thủ công khác. Sau ngày thống nhất 2 miền Nam Bắc, một số giáo dân thay đổi chỗ ở, nhưng đồng thời, nhờ khí hậu ôn hoà của vùng ven bờ biển, một số khá đông lương dân đến mua đất định cư.

Giữa năm 1975, Đức Cha Phaolô Nguyễn văn Hoà được Toà Thánh đề cử thay thế Đức Cha Phanxicô Xaviê. Dưới sự chăn dắt của Đức Cha Phaolô – Vị cha chung của Giáo phận – và sự năng nổ, nhiệt thành của Cha Giuse, vượt qua bao thăng trầm thử thách, giáo dân Thanh Hải vẫn luôn ý thức về giá trị đích thực của cuộc sống đời này và đời sau. Nhờ đó, giáo xứ chung sống cách thân tình với các gia đình tôn giáo bạn trong yêu thương, và giúp nhau thăng tiến cả hai phương diện đạo và đời.

Cha Phêrô Mai Tính về nhận xứ ngày 14.10.2006, và cha nguyên quản xứ Giuse nhận nhiệm vụ mới tại Thành phố Hồ Chí Minh.
Ngày 14/04/2012: Cha Phêrô Lê Văn Ninh nhận quản xứ – nay

Giờ đây, nhìn lại chặng đường đã qua, với một ngôi Thánh đường tuy kiến trúc đơn sơ nhưng thoáng mát, được tô điểm trang nhã hài hoà, những cơ sở vật chất đa năng như: Nhà xứ, Hội trường, Nghĩa đường, Hang đá Đức Mẹ Lộ Đức, Nhà sinh hoạt giáo lý, Nhà chầu Thánh Thể… đã đáp ứng được nhu cầu mục vụ một cách tốt đẹp.

Một điểm đặc biệt mà giáo dân Thanh Hải luôn cảm thấy hạnh phúc, đó là sự hiện diện của hơn 13 Cộng đoàn Dòng tu cư ngụ trong địa bàn của giáo xứ, trở thành những tấm gương sáng cho mọi người trong đời sống đức tin và phục vụ tha nhân.

Giáo xứ Thanh Hải được như ngày hôm nay, trước tiên nhờ hồng ân Thiên Chúa qua sự bầu cử của Mẹ Maria Vô Nhiễm – Quan thầy giáo xứ – với sự che chở đầy tình thương của Thánh cả Giuse.

Giáo dân Thanh Hải cũng không bao giờ quên tri ân lòng ưu ái đặc biệt của 2 Đức Giám Mục Phanxicô Xaviê và Phaolô dành cho đàn chiên Thanh Hải; sự nhiệt tâm chăm sóc phục vụ của các Cha quản xứ; công lao bồi đắp của các bậc Tiền bối; lòng quảng đại của các Ân nhân xa gần.

Giờ lễ Nhà Thờ Giáo Xứ Thanh Hải Nha Trang